A natureza do Seminário Maria Mater Ecclesiae é ser um seminário nacional diocesano, que reside na Diocese de Campo Limpo e está sobe a responsabilidade da Congregação dos Legionários de Cristo.

Visto que não é o seminário da diocese nem o seminário regional, este seminário recebe os seminaristas que, após terminado ano propedêutico, ingressam no seminário maior, seja para iniciar primeiro ano de Filosofia seja o primeiro ano de Teologia.

Por esse motivo, não se tem encontros vocacionais neste seminário, nem se oferece um acompanhamento vocacional, pois isso deve acontecer dentro da própria diocese (ou naquela que se pretende ingressar).

Os seminaristas que ingressam aqui são enviados pelos bispos diocesanos que o desejem. Assim, o processo do ingresso ao Seminário Mater Ecclesiae é tratado diretamente pelo Bispo com o Reitor deste seminário, e não diretamente com o candidato/seminarista.